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微生物菌剂和生物有机肥从标准含量都不一样，严格说微生物菌剂更加高级一些。
微生物菌剂，用国家标准GB20287-2006的，菌每克大于2亿每克，没有有机质的要求。
生物有机肥，用国家标准NY884-2012，菌每克大于2000万，有机质大于40，就可以了。
菌肥一般配合有机肥，用在底肥上，微生物菌剂，一般可以全部水溶，苗期或者中后期可以冲施。不过这两年，很多企业也做了很多，菌剂用来做底肥。
两者对改良土壤都有作用。
狭义的生物肥料，是通过微生物生命活动，使农作物得到特定的肥料效应的制品，也被称之为接种剂或菌肥，它本身不含营养元素，不能代替化肥。广义的生物肥料是既含有作物所需的营养元素，又含有微生物的制品，是生物、有机、无机的结合体它可以代替化肥，提供农作物生长发育所需的各类营养元素。化肥和农药的大量应用对于人类而言利弊并存，为兴利除弊，科学家提出了“生态农业”，逐步实现在农田里少使用或不使用化肥和化学杀虫剂，而使用有机生物肥料和采用微生物方法防治病虫害。
种类
1、生物有机肥料?农业和畜牧业的废弃物或有机垃圾经有益微生物发酵、加工而成的有机肥料称为生物有机肥料。生物有机肥料含大量有机质和大量活的有益微生物及微生物代谢产物，兼有微生物接种剂和有机肥料的作用。由于企业的生产技术、菌种来源各不相同，存在的问题也相应较多。生物有机肥料与其它生物肥料（如微生物接种剂、复合微生物肥料等）在使用的菌种、生产工艺等方面各有不同。 首先，在菌种使用方面，微生物接种剂使用的菌种主要是圆褐固氮菌、巨大芽孢杆菌及根际促生细菌芽孢杆菌和假孢菌。但这类菌种基本上没有发酵的功能。其次，在生产工艺上有所不同。生物有机肥料还没有国家、行业或地方标准，农业部生物肥料质量监督检验测试中心正组织有关专家进行生物有机肥料标准的制定工作。企业要生产，应先制定企业标准作为产品生产和质量检验的依据。建议企业在制定标准时，把活菌数定为≥0.2亿个/克，有机质≥35%。
2、秸秆腐熟剂和畜禽粪便、有机垃圾发酵剂 随着经济的发展，农畜业集约化经营和农业龙头企业的发展，农畜业废弃物和生活垃圾污染环境的现象日益严重，如何处理这些有机废物一直是令环保部门头疼，被农业部关注的问题。一些发达国家开始采用微生物发酵方法处理固体有机废弃物。中国也有一些单位开始对固体有机废物进行试验和应用。
3、微生物接种剂微生物接种剂是指用已知的有益微生物经液体发酵生产而成的液体活菌制品，或菌液经无菌载体吸附而成的固体活菌制品。生物肥料的产品质量不稳定是微生物接种剂生产中存在的最主要问题。其主要原因在于菌种、载体和发酵设备方面。菌种方面主要表现在菌种混杂、菌种退化、菌种组合不合理。微生物生产企业大多规模不大，技术力量和检测能力有限，无法将菌种纯化后再生产，有的企业更是没有发现菌种已污染了杂菌。菌种退化也是企业在生产中经常遇到的难题，一方面是菌种供应方的问题，它希望企业长期购买它的菌种，因此在技术上进行了处理，另一方面是企业购买原种后进行了多次的转接传代，但又没有提纯复壮的技术。解决的方法是提纯复壮和更换菌种。发酵设备不完善，也是微生物接种剂不合格的主要原因，微生物在无杂菌条件下发酵是接种剂生产的必备条件。许多企业采用敞口设备生产，或虽有标准发酵罐但无空气过滤器，都不可能生产合格产品。吸附微生物的载体持水性差、载体偏酸偏碱、载体灭菌不完全和载体中的微量元素过高（主要企业在生产过程中加的）。
4、光合细菌肥料?光合细菌肥料发展很快，主要用于畜禽饲养和水产养殖，也可以用于农作物拌种和叶面喷施。
5、复合微生物肥料?复合微生物肥料是20世纪90年代的新产品。此类产品的种类较多。复合微生物肥料的产品形式主要有三种。第一种是微生物接种剂与有机物料、无机肥料混合后造粒；第二种是微生物接种剂与有机肥料混合造粒然后与化肥复合肥混合包装；第三种是在有机无机复合肥的包装中附加一袋微生物接种剂，在田间施用前，将接种剂与有机无机复合肥混合。
6、“酵素菌”和“EM ” “酵素菌”和“EM ”均是从日本引进的微生物发酵剂产品。真正以“EM”为名获农业部登记的全国还没有一家，事实上“EM”本身在日本就未获日本政府的登记。发展EM和“酵素菌”，首先要清楚“EM”和“酵素菌”所含的确切菌种类型，菌种的来源无论是自制的、还是从境外购买的都要经过鉴定，而且要鉴定到种。在企业无确切的生产标准，产品无量化指标、无检测方法的情况下，不宜组织大的课题进行研究、推广。
7、乳酸菌有机肥。代表是乳酸屎肠球菌“Anp01"。把含氮有机物喷施屎肠球菌，堆积发酵7-28天，含氮有机质会被酵化，发酵分解率高达40%以上，完全满足有机肥的基本要求。乳酸屎肠球菌“Anp01"是为数不多的耐高温乳酸菌，在堆积发酵高温达到50度时，仍然可以有效繁殖发酵，这是乳酸菌发酵有机肥成功的重要因素。
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我是英康号的签约作者“墨轩轩”
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